Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ZNF559-202ENST00000393883 5095 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ACTN2-206ENST00000542672 4906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms