Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SPRED1-201ENST00000299084 7780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SEZ6L-202ENST00000343706 2898 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KMT2E-202ENST00000311117 6874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 NUTM2B-203ENST00000429828 3292 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SLC12A7-201ENST00000264930 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MPPED2-202ENST00000448418 5591 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 UNC5B-202ENST00000373192 6451 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 OPRL1-201ENST00000336866 3321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 POLM-203ENST00000395831 2380 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SPIN3-204ENST00000638257 4835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 HVCN1-202ENST00000356742 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LINC00475-202ENST00000416438 2506 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ADCY7-208ENST00000566433 2535 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ZFYVE28-211ENST00000515312 3247 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TMEM212-201ENST00000334567 1881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 GAK-214ENST00000511163 4280 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RTF1-201ENST00000389629 5021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ELP1-201ENST00000374647 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 APP-205ENST00000358918 2366 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PELP1-212ENST00000574876 3465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 IL17RD-201ENST00000296318 8720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 AC005523.2-201ENST00000601192 3568 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 SYNRG-231ENST00000622045 3859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 UGT3A2-201ENST00000282507 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 FBXL4-201ENST00000229971 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RBM6-201ENST00000266022 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CGB7-203ENST00000597853 3386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 CHRNA7-201ENST00000306901 6181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC112Q8NEF3 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms