Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SOX4Q06945 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms