Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 COQ8A-203ENST00000366779 5523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RPGRIP1-210ENST00000556336 2955 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
DKK3Q9UBP4 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CYLD-202ENST00000398568 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms