Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 Metazoa_SRP.91-201ENST00000622745 281 ntBASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.49
CCDC140Q96MF4 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC11.95□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.5 ms