Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC01388-201ENST00000416242 416 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PSMD4P1-201ENST00000433951 1109 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC00634-202ENST00000505157 222 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC134312.2-201ENST00000563521 608 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 C3orf33-205ENST00000534941 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SPIN2B-203ENST00000374910 725 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 FTLP5-201ENST00000586853 534 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC010335.1-201ENST00000594590 599 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MYOZ3-209ENST00000615557 1031 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL606748.1-201ENST00000423919 655 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 FABP5P3-202ENST00000477993 1027 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 FAM86KP-201ENST00000509817 987 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC011247.3-201ENST00000603297 438 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 HIST1H4I-201ENST00000615353 1294 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC00513-201ENST00000447430 1616 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PRIMA1-201ENST00000316227 1080 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TUBB3-208ENST00000555576 572 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MIA-206ENST00000597784 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC022001.2-201ENST00000607849 580 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 LINC01783-202ENST00000614408 828 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 BX284668.2-205ENST00000619677 828 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC079325.2-202ENST00000641031 462 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC079325.2-201ENST00000641710 606 ntAPPRIS P5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 C20orf96-202ENST00000382369 1420 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 Z84468.1-201ENST00000626321 1408 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SIX3-AS1-202ENST00000456467 557 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 MSRB3-206ENST00000535664 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CHD9Q3L8U1 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
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