Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RPS16-202ENST00000339471 643 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC234644.1-201ENST00000406065 370 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PTK2-225ENST00000520892 571 ntTSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC051619.9-201ENST00000623237 597 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 FOSB-213ENST00000615753 1468 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC073150.1-201ENST00000450406 1084 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 LINC01481-204ENST00000550216 494 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 DNM1P30-201ENST00000563586 452 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AC005779.2-201ENST00000593083 550 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MIR6842-201ENST00000612539 65 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 UPK3BL1-201ENST00000340457 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL6A1P12109 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.8 ms