Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 MMS19-209ENST00000438925 3797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.644e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 MMS19-202ENST00000355839 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.754e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 KLHDC4-212ENST00000564396 563 ntTSL 515.94■□□□□ 0.143e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 KLHDC4-226ENST00000569747 560 ntTSL 415.03■□□□□ -03e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 KLHDC4-214ENST00000565328 582 ntTSL 414.59□□□□□ -0.073e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 KLHDC4-213ENST00000564484 562 ntTSL 511.39□□□□□ -0.593e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 TTBK2-202ENST00000562880 556 ntTSL 410.23□□□□□ -0.772e-7■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 94.4
SF3B1O75533 RBSN-205ENST00000449964 1132 ntTSL 521.88■■□□□ 1.094e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 RBSN-203ENST00000441057 1352 ntTSL 518.97■□□□□ 0.634e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 RBSN-207ENST00000476527 3005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.194e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 RBSN-201ENST00000253699 6678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.744e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ACACA-237ENST00000616317 9961 ntTSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ACACA-231ENST00000614428 9554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.83□□□□□ -1.321e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ST7-226ENST00000487459 1681 ntTSL 513.37□□□□□ -0.272e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ST7-213ENST00000432298 1956 ntTSL 2 BASIC8.37□□□□□ -1.072e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ST7-206ENST00000393447 2182 ntTSL 1 (best) BASIC7.58□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ST7-203ENST00000393443 2360 ntTSL 2 BASIC6.57□□□□□ -1.362e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ST7-204ENST00000393444 2113 ntTSL 1 (best) BASIC6.24□□□□□ -1.412e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ST7-212ENST00000422922 1887 ntTSL 5 BASIC4.87□□□□□ -1.632e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ACER3-207ENST00000530182 551 ntTSL 526.46■■□□□ 1.835e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.595e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.548e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.296e-11■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 C1orf35-207ENST00000492757 548 ntTSL 323.13■■□□□ 1.298e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.266e-11■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 C1orf35-205ENST00000485896 1429 ntTSL 222.66■■□□□ 1.228e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 TOP3A-218ENST00000584669 580 ntTSL 422.6■■□□□ 1.218e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.126e-11■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 C1orf35-203ENST00000469781 2256 ntTSL 221.65■■□□□ 1.068e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 CDC37-210ENST00000593124 1389 ntTSL 520.98■□□□□ 0.955e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.675e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 TOP3A-202ENST00000461127 823 ntTSL 319.19■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 NDUFV1-208ENST00000526770 1748 ntTSL 519.15■□□□□ 0.668e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.658e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.636e-11■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.586e-11■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.488e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GNB2-210ENST00000451587 887 ntTSL 515.97■□□□□ 0.156e-11■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-208ENST00000520104 1290 ntTSL 515.8■□□□□ 0.125e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 PPP5C-205ENST00000478046 1886 ntTSL 1 (best)15.7■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 C1orf35-204ENST00000472617 3554 ntTSL 214.4□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 AP001347.1-203ENST00000448463 780 ntTSL 214.17□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-209ENST00000524147 1485 ntTSL 513.92□□□□□ -0.185e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-204ENST00000451021 570 ntTSL 413.63□□□□□ -0.235e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 BCL6-211ENST00000621333 3399 ntTSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.398e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-206ENST00000517348 1578 ntTSL 212.28□□□□□ -0.445e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 BCL6-202ENST00000406870 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ICAM1-201ENST00000264832 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 AK3-204ENST00000611749 4029 ntTSL 4 BASIC10.25□□□□□ -0.775e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-210ENST00000559001 2403 ntTSL 5 BASIC9.89□□□□□ -0.835e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-207ENST00000518318 5925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.77□□□□□ -0.855e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-201ENST00000403058 2335 ntTSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.925e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GABRG3-204ENST00000554696 774 ntTSL 39.21□□□□□ -0.948e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 AP001347.1-201ENST00000428809 1332 ntTSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.988e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 AP001347.1-202ENST00000432621 1084 ntTSL 1 (best)8.69□□□□□ -1.028e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ARHGEF12-206ENST00000528225 2647 ntTSL 58.62□□□□□ -1.038e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 POU6F2-205ENST00000464276 530 ntTSL 37.82□□□□□ -1.165e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 AK3-201ENST00000359883 1536 ntTSL 1 (best) BASIC6.44□□□□□ -1.385e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 GABRG3-201ENST00000333743 1235 ntTSL 5 BASIC6.14□□□□□ -1.438e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 VPS13C-201ENST00000249837 13300 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.61□□□□□ -1.678e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 ARHGEF12-208ENST00000529970 3786 ntTSL 24.51□□□□□ -1.698e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 VPS13C-202ENST00000261517 13400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.45□□□□□ -1.78e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 BIVM-ERCC5-203ENST00000639118 731 ntTSL 33.11□□□□□ -1.918e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 BIVM-ERCC5-202ENST00000638434 615 ntTSL 51.7□□□□□ -2.148e-6■■■■■ 94.3
SF3B1O75533 TMEM245-202ENST00000413712 1973 ntTSL 28.34□□□□□ -1.073e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 TMEM245-205ENST00000491854 2435 ntTSL 27.91□□□□□ -1.143e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.922e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.74e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.234e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.056e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.976e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.464e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.256e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 LRCH4-202ENST00000467201 4754 ntTSL 215.76■□□□□ 0.116e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.474e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.424e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.164e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.334e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.264e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 ERCC5-201ENST00000355739 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.362e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 RNF24-201ENST00000336095 7453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.362e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 RNF24-202ENST00000358395 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.422e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 COPZ1-216ENST00000552848 537 ntTSL 511.33□□□□□ -0.69e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 COPZ1-203ENST00000548076 367 ntTSL 58.91□□□□□ -0.989e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 UGGT1-201ENST00000259253 10650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.37□□□□□ -1.391e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.266e-7■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 PACSIN2-210ENST00000453643 818 ntTSL 517.59■□□□□ 0.415e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 PACSIN2-208ENST00000445706 511 ntTSL 513.09□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 FAM13A-210ENST00000507352 1306 ntTSL 1 (best)11.16□□□□□ -0.623e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 FAM13A-220ENST00000513837 2590 ntTSL 2 BASIC10.25□□□□□ -0.773e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 FAM13A-212ENST00000508369 3169 ntTSL 5 BASIC10.1□□□□□ -0.793e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 FAM13A-207ENST00000504836 2287 ntTSL 29.79□□□□□ -0.843e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 FAM13A-202ENST00000395002 4945 ntTSL 1 (best) BASIC9.07□□□□□ -0.963e-6■■■■■ 94.2
SF3B1O75533 FAM13A-205ENST00000503556 3386 ntTSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.093e-6■■■■■ 94.2
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1195.8 ms