Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 COQ8A-203ENST00000366779 5523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 COL4A1-201ENST00000375820 6532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC9A8-201ENST00000361573 6094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C10orf71-201ENST00000374144 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SNPH-201ENST00000381867 5533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RAP2B-201ENST00000323534 8351 ntAPPRIS P1 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GPRASP1-203ENST00000444152 5809 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 WASHC2A-203ENST00000351071 4642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 WNK1-201ENST00000315939 10452 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TAF5-201ENST00000369839 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MAGI1-218ENST00000621418 6225 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC005899.8-201ENST00000625127 3153 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms