Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 IMPA1-203ENST00000449740 1180 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC246817.2-203ENST00000517357 569 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC246817.2-202ENST00000519393 564 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PTK2-225ENST00000520892 571 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 DNM1P30-201ENST00000563586 452 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PHBP15-201ENST00000574228 665 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PLIN5-202ENST00000586133 907 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AP001065.2-201ENST00000617205 644 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CUX1P39880 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ZNF226-203ENST00000413984 716 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 RPL8P2-201ENST00000430538 502 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ANP32A-210ENST00000560303 724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ZNF286A-219ENST00000585194 607 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 TOMM7-207ENST00000621567 241 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 CXCL12-202ENST00000374426 470 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ANXA5-210ENST00000515017 1190 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC006435.2-201ENST00000574290 846 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PRMT5-AS1-206ENST00000599580 847 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC005632.3-201ENST00000605544 308 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUX1P39880 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC245100.1-201ENST00000452996 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 LINC01388-201ENST00000416242 416 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AC068134.1-201ENST00000441266 481 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 FAM227B-210ENST00000560246 911 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MIR4649-201ENST00000582839 64 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUX1P39880 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CUX1P39880 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 IL1R2-203ENST00000441002 1106 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUX1P39880 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 FH-201ENST00000366560 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RPS9P1-201ENST00000419943 583 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 GCOM2-201ENST00000509133 1104 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 FAM90A2P-201ENST00000511144 1395 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CUX1P39880 FAM90A25P-201ENST00000528404 1395 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.4 ms