Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AL627389.1-201ENST00000413508 1182 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 LINC01481-204ENST00000550216 494 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RNASEK-210ENST00000593646 566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 WT1-AS_6.1-201ENST00000614919 121 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 DIABLO-201ENST00000267169 1316 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AFAP1-201ENST00000358461 7516 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AL357558.1-201ENST00000416646 456 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB1P1-201ENST00000429417 1024 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.9 ms