Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TALDO1-203ENST00000528097 1231 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MRPL48-210ENST00000542303 661 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AP000894.2-204ENST00000577358 473 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 DUSP13-206ENST00000472493 920 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 MCPH1-AS1-203ENST00000525186 869 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC020763.1-201ENST00000567186 551 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.7 ms