Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 CICP20-201ENST00000443330 2801 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CLIP3Q96DZ5 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 HSD17B4-206ENST00000504811 2740 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 SCARF1-201ENST00000263071 3443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MARS-201ENST00000262027 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CLIP3Q96DZ5 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms