Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC18.14■□□□□ 0.5
COL9A3Q14050 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
COL9A3Q14050 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
COL9A3Q14050 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
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COL9A3Q14050 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms