Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC104581.4-201ENST00000623126 3052 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.33□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UBE2I-201ENST00000325437 2832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
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