Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ARMCX4-202ENST00000423738 7424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PHF24-201ENST00000242315 5718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MAPKBP1-215ENST00000514566 5394 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PTPN13-203ENST00000427191 8487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SEZ6L-209ENST00000529632 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AC104836.1-202ENST00000636805 6041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS39Q96JC1 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms