Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG3P49916 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG3P49916 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AMMECR1-203ENST00000372059 3052 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 UVRAG-201ENST00000356136 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 ZNF790-207ENST00000614179 2361 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NOP14-203ENST00000416614 3538 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CAMKK2-209ENST00000446440 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 LHX1-201ENST00000614239 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 KIF26B-202ENST00000407071 7287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIG3P49916 DDN-201ENST00000421952 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms