Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
LIMCH1Q9UPQ0 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LIMCH1Q9UPQ0 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
LIMCH1Q9UPQ0 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms