Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC35.47■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC35.45■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC35.44■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC35.44■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC35.43■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC35.43■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC35.43■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC35.41■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC35.41■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC35.4■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC35.4■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.39■■■■□ 3.26
TCOF1Q13428 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.38■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.38■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC35.38■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC35.37■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC35.37■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC35.37■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC35.37■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC35.37■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC35.35■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC35.35■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC35.35■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC35.34■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC35.34■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.33■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC35.33■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC35.33■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC35.33■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
TCOF1Q13428 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC35.32■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC35.32■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
TCOF1Q13428 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
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