Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCB1Q12824 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCB1Q12824 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCB1Q12824 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms