Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 BAK1-201ENST00000360661 2132 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 NKIRAS2-201ENST00000307641 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RAB2A-201ENST00000262646 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SERP1-201ENST00000239944 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TRIM46-202ENST00000368382 3127 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP23P1-201ENST00000562773 1937 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TTC28-AS1-207ENST00000428584 5859 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 HNRNPUL1-205ENST00000593587 2725 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 NTRK2-202ENST00000304053 8226 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC39Q9UFE4 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms