Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 GSDMA-203ENST00000635792 1546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
CCDC87Q9NVE4 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GDAP1-202ENST00000434412 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 C12orf73-211ENST00000553183 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AL023803.2-201ENST00000620080 638 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CPA5-201ENST00000393213 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AP007216.2-201ENST00000562094 299 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC17-207ENST00000616859 1458 ntTSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC17-208ENST00000618216 1489 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GAD1-203ENST00000375272 1252 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 EEF1DP6-201ENST00000449232 372 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RNMTL1P1-201ENST00000454103 560 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 OARD1-204ENST00000464633 717 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 PRKXP1-201ENST00000561423 1122 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms