Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TSC2-203ENST00000382538 5264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC3Q9BQI4 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms