Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 BVES-201ENST00000314641 5567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TP73-205ENST00000378285 2117 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NRDC-201ENST00000352171 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC244021.1-201ENST00000417218 3662 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PDE3B-202ENST00000455098 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AMMECR1-203ENST00000372059 3052 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 DDX20-201ENST00000369702 4212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MED4-201ENST00000258648 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MFSD11-211ENST00000588460 3612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AL359183.1-201ENST00000623796 2132 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 DSEL-201ENST00000310045 9531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 EIF5-202ENST00000392715 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 STX18-AS1-207ENST00000610009 2406 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NDRG4-217ENST00000562999 2931 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 OSBPL3-201ENST00000313367 6760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CLASP2-204ENST00000399362 7282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TSC2-203ENST00000382538 5264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CAMKK2-209ENST00000446440 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 BNIP3-201ENST00000368636 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 TRIM46-210ENST00000545012 2979 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 PTPN9-201ENST00000306726 3862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SNPH-203ENST00000614659 5354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC112Q8NEF3 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms