Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 B3GNT7-201ENST00000287590 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 VGLL3-202ENST00000398399 10400 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ELF4-201ENST00000308167 4165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PDE8A-201ENST00000310298 3984 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 LTB4R-203ENST00000396789 4110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ABCG2-201ENST00000237612 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 OGFOD3-201ENST00000313056 4287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 NUDT16-202ENST00000521288 6108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 A1CF-202ENST00000373993 1997 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CNOT10-201ENST00000328834 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 MAGI1-218ENST00000621418 6225 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 AL928921.2-201ENST00000641325 2442 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 NRP2-205ENST00000412873 2730 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 KCTD7-201ENST00000275532 4795 ntTSL 4 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 YTHDF2-201ENST00000373812 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CBFA2T3-201ENST00000268679 4477 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 RFX2-222ENST00000592546 2578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 COL8A2-201ENST00000303143 4447 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CILP2-202ENST00000586018 4234 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 SLC20A2-208ENST00000520262 2992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 SLC12A5-211ENST00000616933 6166 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 BLK-201ENST00000259089 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 OPA1-202ENST00000361510 6492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 IFNAR2-202ENST00000342136 2899 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 CDH20-202ENST00000536675 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 KDELC2-201ENST00000323468 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 RET-201ENST00000340058 4149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 E2F7-202ENST00000416496 5297 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PPARGC1B-203ENST00000394320 4803 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 APP-205ENST00000358918 2366 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 POLM-203ENST00000395831 2380 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 SIGLEC5-201ENST00000534261 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 POFUT1-202ENST00000375749 5235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
SCN1BQ07699 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms