Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDDC3Q8N4P3 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
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HDDC3Q8N4P3 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HDDC3Q8N4P3 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
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