Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ARAP2-201ENST00000303965 7514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms