Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MUC1-203ENST00000342482 537 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LINC00461-207ENST00000506978 564 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NAT9-211ENST00000580632 799 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PBDC1-201ENST00000373357 977 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC243961.1-201ENST00000432559 384 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC245056.1-201ENST00000437631 384 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 TMEM218-205ENST00000527271 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC008805.1-201ENST00000590892 364 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC242376.2-201ENST00000619355 883 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 KRT8P21-201ENST00000430398 1491 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC145207.1-201ENST00000415556 691 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AL049795.2-201ENST00000515055 667 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC007881.3-201ENST00000608897 607 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AL845331.2-201ENST00000561882 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CUX1P39880 DDX39A-201ENST00000242776 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC005234.1-201ENST00000457851 434 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC133919.1-201ENST00000562203 416 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MIR6842-201ENST00000612539 65 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms