Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
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