Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ITPRIPL2-201ENST00000381440 7247 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS4AQ9UN37 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms