Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TRIO-202ENST00000344204 11100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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CHD3Q12873 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
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CHD3Q12873 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TAF4B-203ENST00000578121 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
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