Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HPS3Q969F9 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms