Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ABCA7-203ENST00000435683 6211 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
TRIM54Q9BYV2 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms