Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
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