Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
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