Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMA1Q9UHB6 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIMA1Q9UHB6 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMA1Q9UHB6 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.8 ms