Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC3Q9BQI4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms