Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HLA-CQ95604 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HLA-CQ95604 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HLA-CQ95604 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms