Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LDLRP01130 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LDLRP01130 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LDLRP01130 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LDLRP01130 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LDLRP01130 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LDLRP01130 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDLRP01130 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDLRP01130 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDLRP01130 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
LDLRP01130 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDLRP01130 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LDLRP01130 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LDLRP01130 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LDLRP01130 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LDLRP01130 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDLRP01130 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDLRP01130 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDLRP01130 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDLRP01130 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDLRP01130 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDLRP01130 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LDLRP01130 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LDLRP01130 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LDLRP01130 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LDLRP01130 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LDLRP01130 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LDLRP01130 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
LDLRP01130 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDLRP01130 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDLRP01130 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDLRP01130 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LDLRP01130 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms