Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LILRP2-201ENST00000413439 2127 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LRIG3-201ENST00000320743 4070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PAX3-203ENST00000344493 3109 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ABR-228ENST00000574437 3196 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 COL6A2-201ENST00000300527 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CAPN1-224ENST00000533129 2792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 WBP4-201ENST00000379487 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ABCG1-201ENST00000343687 3037 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PTENP1-202ENST00000532280 3996 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GLI2-210ENST00000452319 6799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 DESI2-202ENST00000302550 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 C17orf107-201ENST00000381365 3199 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ZBTB17-202ENST00000375743 2745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 IL6R-201ENST00000344086 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TRIM17-203ENST00000366697 2652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PRDM4-201ENST00000228437 4210 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 COL6A2-202ENST00000310645 3446 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 HNRNPUL1-205ENST00000593587 2725 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms