Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HDDC3Q8N4P3 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms