Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TMEM30B-202ENST00000555868 4471 ntAPPRIS P1 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TCHH-201ENST00000368804 6900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PAPPA-201ENST00000328252 10959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CGN-201ENST00000271636 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 EDIL3-201ENST00000296591 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SRD5A3-201ENST00000264228 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RAB18-207ENST00000535776 4811 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SMARCA2-208ENST00000382194 5679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 LMX1B-202ENST00000373474 5797 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RERE-204ENST00000400908 5790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PLLP-205ENST00000613167 7578 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 LATS1-207ENST00000543571 7517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
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