Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 GAS2L1-209ENST00000618518 3382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ERLIN2-205ENST00000518586 2623 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ZNF596-201ENST00000308811 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 GIPC2-201ENST00000370759 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 ZBTB17-202ENST00000375743 2745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 SIMC1-205ENST00000443967 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIG3P49916 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms