Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 C12orf73-211ENST00000553183 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 BCAS4-201ENST00000358791 1378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL818P-201ENST00000485099 259 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL725P-201ENST00000606439 259 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AWAT1-201ENST00000374521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC17-207ENST00000616859 1458 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC17-208ENST00000618216 1489 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GUSBP1-202ENST00000508260 1012 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MRPL48-210ENST00000542303 661 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AP007216.2-201ENST00000562094 299 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms