Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
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USP53Q70EK8 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
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USP53Q70EK8 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
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USP53Q70EK8 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
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USP53Q70EK8 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
USP53Q70EK8 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
USP53Q70EK8 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
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