Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS4AQ9UN37 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms