Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.4 ms