Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 EEF1DP6-201ENST00000449232 372 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC044849.1-201ENST00000519737 1188 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC079336.7-201ENST00000623428 1078 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SEPT12-202ENST00000396693 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TALDO1-203ENST00000528097 1231 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 BORCS5-201ENST00000298571 549 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC060234.1-201ENST00000422966 474 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SDHAF4-201ENST00000370474 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.1 ms