Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 STK17B-201ENST00000263955 5287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC3Q9BQI4 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms