Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GUSBP1-202ENST00000508260 1012 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 EEF1DP6-201ENST00000449232 372 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SUPT4H1P2-201ENST00000501248 353 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC116345.2-201ENST00000512837 523 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GDAP1-202ENST00000434412 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AL136361.1-201ENST00000435429 506 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AL160290.2-202ENST00000448671 574 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MARK2P5-201ENST00000507649 634 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CUX1P39880 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 NDUFB8-201ENST00000299166 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 Z82214.1-201ENST00000419643 988 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 LINC01806-201ENST00000436506 765 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 LINC00969-254ENST00000625358 962 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CUX1P39880 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CUX1P39880 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
CUX1P39880 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
CUX1P39880 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
CUX1P39880 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC25.83■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms